Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе.
The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work.
サンクトペテルブルク大学（Saint Petersburg State University）
シラバス - 本コースの学習内容
週
11時間で修了
Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)
Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from.
8件のビデオ （合計61分）, 1 quiz
8件のビデオ
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3 分
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6 分
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6 分
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13 分
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7 分
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13 分
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3 分
1の練習問題
Тест 1 (Quiz 1)20 分
週
21時間で修了
Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)
Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS.
4件のビデオ （合計41分）, 1 quiz
4件のビデオ
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7 分
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14 分
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9 分
1の練習問題
Тест 2 (Quiz 2)20 分
週
31時間で修了
Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)
На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system.
6件のビデオ （合計50分）, 1 quiz
6件のビデオ
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4 分
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10 分
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9 分
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8 分
Введение в Linux (Introduction to Linux)13 分
1の練習問題
Тест 3 (Quiz 3)20 分
週
42時間で修了
Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)
Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!
7件のビデオ （合計72分）, 1 quiz
7件のビデオ
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15 分
Алгоритмы (Algorithms)6 分
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9 分
Overlap Layout Concensus9 分
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8 分
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10 分
1の練習問題
Тест 4 (Quiz 4)20 分
週
52時間で修了
Неделя 5 - Выравнивание коротких фрагментов (Short read alignment)
Пятая неделя нашего курса посвящена выравниванию коротких фрагментов на референс - подходу, который используется при работе с уже изученными геномами. В лекциях разбираются наиболее популярные программы для решения таких задач, а также основные алгоритмы для работы со строками. <br>Fifth week of our course is devoted to short read alignment to the reference genome, which is used when we work with the already studied organisms. In lectures we will talk about the most popular software for solving such problems, as well as basic algorithms for working with strings.
8件のビデオ （合計84分）, 1 quiz
8件のビデオ
Построение индекса (Building index)10 分
Выравнивание с помощью Bowtie (Bowtie Alignment)8 分
Форматы SAM, BAM. Сортировка. (SAM, BAM Alignment Format. Sorting.)15 分
Поиск вариантов (Variant Calling)13 分
Строковые алгоритмы. Хэш-функция. (String Algorithms. Hash.)8 分
Поиск подстроки с ошибками (String Searching with Errors)3 分
Суффиксные деревья (Suffix Trees)13 分
1の練習問題
Тест 5 (Quiz 5)20 分
週
61時間で修了
Неделя 6 - Поиск и аннотация генов (Gene Finding and Annotation)
В завершающей неделе курса мы разберем методы поиска генов в собранных последовательностях и их аннотации.<br>
In the final week of the course we will examine methods of gene finding and annotation in assembled sequences.
4件のビデオ （合計59分）, 1 quiz
4件のビデオ
Скрытые марковские модели (Hidden Markov Models)11 分
Аннотация генов в бактериальном геноме (Bacterial Genome Annotation)22 分
Анализ вариантов (Variant Analysis)17 分
1の練習問題
Тест 6 (Quiz 6)20 分
週
71時間で修了
Геномный проект (Genome Project)
В этом практическом задании вам предстоит собрать и проаннотировать бактериальный геном, проинтерпретировать результаты и найти причину ужасной эпидемии, охватившей Европу в 2011 году. <br>In this practice challenge you will have to assemble and annotate bacterial genome, interpret the results and find the cause of the terrible epidemic in Europe in 2011.
4 quizzes
4の練習問題
Часть 1: исходные данные (Part 1: Raw Data)10 分
Часть 2: сборка de novo (Part 2: De Novo Assembly)10 分
Часть 3: выравнивание по референсу (Part 3: Alignment to Reference)10 分
Часть 4: аннотация (Part 4: Annotation)8 分
講師
Alla L Lapidus
Professor, Department of Cytology and HistologyCentre For Algorithmic Biotechnology
Павел Добрынин
Младший научный сотрудникЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Михаил Райко
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Екатерина Черняева
ПостдокЦентр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
サンクトペテルブルク大学（Saint Petersburg State University）について
Санкт-Петербургский государственный университет (СПбГУ) — старейший вуз России, основанный в 1724 году. Университет сегодня — научный, образовательный и культурный центр мирового значения, неизменно входящий во все международные рейтинги вузов. В номинации взаимодействие с работодателями QS Graduate Employability 2018 СПбГУ занимает 20 место среди 400 ведущих вузов мира и является лучшим в России.
В настоящее время СПбГУ реализует 418 образовательных программ, включающих самые современные направления подготовки и специальности.
Сертификат об успешном окончании представленных онлайн-курсов дает 5 дополнительных баллов при поступлении на программы магистратуры и аспирантуры СПбГУ.
St Petersburg University is the oldest university in Russia, founded in 1724. The University today is a world-class research, educational and cultural centre which is always included in all international rankings of world universities. St Petersburg University was ranked 20th in QS Graduate Employability Ranking 2018 among 400 leading universities in the world and is the best in Russia. At present, St Petersburg University offers 418 academic programmes, including the most advanced areas and fields of study. The certificate of successful completion of offered online courses gives five additional points when applying for master’s and doctoral programmes at St Petersburg University.
よくある質問
いつ講座や課題にアクセスできるようになりますか？
修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題（該当する場合）にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。
修了証を購入すると何を行えるようになりますか？
修了証を購入する際、コースのすべての教材（採点課題を含む）にアクセスできます。コースを完了すると、電子修了証が成果のページに追加されます。そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。
返金ポリシーについて教えてください。
学資援助はありますか？
さらに質問がある場合は、受講者向けヘルプセンターにアクセスしてください。
コーセラは、世界トップクラスの教育を世界中に配信しています。
最高峰の大学や組織とのパートナーシップに基づくオンラインコースが提供されています。
© 2019 Coursera (株)すべての権利予約します。
