このコースはバイオインフォマティクス専門講座に属します。

4.7
星
53件の評価

Pavel Pevzner +1人以上のインストラクター

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提供：

バイオインフォマティクス専門講座カリフォルニア大学サンディエゴ校

このコースについて

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In previous courses in the Specialization, we have discussed how to sequence and compare genomes. This course will cover advanced topics in finding mutations lurking within DNA and proteins.
In the first half of the course, we would like to ask how an individual's genome differs from the "reference genome" of the species. Our goal is to take small fragments of DNA from the individual and "map" them to the reference genome.  We will see that the combinatorial pattern matching algorithms solving this problem are elegant and extremely efficient, requiring a surprisingly small amount of runtime and memory.

In the second half of the course, we will learn how to identify the function of a protein even if it has been bombarded by so many mutations compared to similar proteins with known functions that it has become barely recognizable.  This is the case, for example, in HIV studies, since the virus often mutates so quickly that researchers can struggle to study it.  The approach we will use is based on a powerful machine learning tool called a hidden Markov model.

Finally, you will learn how to apply popular bioinformatics software tools applying hidden Markov models to compare a protein against a related family of proteins.

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

共有できる証明書

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100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

次における7の6コース

バイオインフォマティクスの専門講座

初級レベル

約24時間で修了

英語

字幕：アラビア語, フランス語, ポルトガル語（ヨーロッパ）, イタリア語, ベトナム語, ドイツ語, ロシア語, 英語, スペイン語

講師

Pavel Pevzner

Professor

Department of Computer Science and Engineering

受講者562,933 名

14 コース

Phillip Compeau

Visiting Researcher

Department of Computer Science & Engineering

受講者180,819 名

8 コース

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初級レベル

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英語

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提供：

カリフォルニア大学サンディエゴ校

UC San Diego is an academic powerhouse and economic engine, recognized as one of the top 10 public universities by U.S. News and World Report. Innovation is central to who we are and what we do. Here, students learn that knowledge isn't just acquired in the classroom—life is their laboratory.

シラバス - 本コースの学習内容

週

週 1

4時間で修了

Week 1: Introduction to Read Mapping

Welcome to our class! We are glad that you decided to join us.In this class, we will consider the following two central biological questions (the computational approaches needed to solve them are shown in parentheses):<ol><li>How Do We Locate Disease-Causing Mutations? (Combinatorial Pattern Matching)</li><li>Why Have Biologists Still Not Developed an HIV Vaccine? (Hidden Markov Models)</li></ol>As in previous courses, each of these two chapters is accompanied by a Bioinformatics Cartoon created by talented artist Randall Christopher and serving as a chapter header in the Specialization's bestselling <a href="http://bioinformaticsalgorithms.com" target="_blank">print companion</a>. You can find the first chapter's cartoon at the bottom of this message. <img src="https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" title="Image: https://stepic.org/media/attachments/lessons/292/chapter7_cropped.jpg" width="528">

4時間で修了

4件のビデオ（合計33分）, 2 学習用教材, 3 個のテスト

週

週 2

4時間で修了

Week 2: The Burrows-Wheeler Transform

Welcome to week 2 of the class!

4時間で修了

3件のビデオ（合計21分）, 1 学習用教材, 2 個のテスト

週

週 3

4時間で修了

Week 3: Speeding Up Burrows-Wheeler Read Mapping

Welcome to week 3 of class!

4時間で修了

4件のビデオ（合計22分）, 1 学習用教材, 3 個のテスト

週

週 4

4時間で修了

Week 4: Introduction to Hidden Markov Models

Welcome to week 4 of class!

This week, we will start examining the case of aligning sequences with many mutations -- such as related genes from different HIV strains -- and see that our problem formulation for sequence alignment is not adequate for highly diverged sequences. To improve our algorithms, we will introduce a machine-learning paradigm called a hidden Markov model and see how dynamic programming helps us answer questions about these models.

4時間で修了

5件のビデオ（合計42分）

レビュー

4.7

11件のレビュー

5 stars
71.69%
4 stars
24.52%
3 stars
1.88%
2 stars
1.88%

FINDING MUTATIONS IN DNA AND PROTEINS (BIOINFORMATICS VI) からの人気レビュー

TKにより2016年6月28日

One of the best specialization on Coursera. Highly recommended for anyone who wants to apply his/her programming skills to fascinating real-world problems.

DCにより2018年9月15日

Really enjoyed this course. It was great to get to build on work from previous courses.

RGにより2020年4月13日

It was probably my favorite in this specialization (at least, out of first six).

JMにより2020年6月22日

Really loved learning about suffix trees/arrays, BWT, Pattern matching, HMMs!

すべてのレビューを見る

バイオインフォマティクス専門講座について

Join Us in a Top 50 MOOC of All Time!

How do we sequence and compare genomes? How do we identify the genetic basis for disease? How do we construct an evolutionary Tree of Life for all species on Earth? When you complete this Specialization, you will learn how to answer many questions in modern biology that have become inseparable from the computational approaches used to solve them. You will also obtain a toolkit of existing software resources built on these computational approaches and that are used by thousands of biologists every day in one of the fastest growing fields in science. Although this Specialization centers on computational topics, you do not need to know how to program in order to complete it. If you are interested in programming, we feature an "Honors Track" (called "hacker track" in previous runs of the course). The Honors Track allows you to implement the bioinformatics algorithms that you will encounter along the way in dozens of automatically graded coding challenges. By completing the Honors Track, you will be a bioinformatics software professional! Learn more about the Bioinformatics Specialization (including why we are wearing these crazy outfits) by watching our introductory video. You can purchase the Specialization's print companion, Bioinformatics Algorithms: An Active Learning Approach, from the textbook website. Our first course, "Finding Hidden Messages in DNA", was named a top-50 MOOC of all time by Class Central!

よくある質問

いつ講座や課題にアクセスできるようになりますか？
講義と課題へのアクセスは、登録のタイプによって異なります。聴講モードでコースを受講すると、ほとんどのコース教材を無料で見ることができます。採点された課題にアクセスして修了証を取得するには、聴講中または聴講後に、修了証エクスペリエンスを購入する必要があります。聴講オプションが表示されない場合：
コースは聴講オプションを提供していない可能性があります。代わりに無料トライアルをお試しいただくか、学資援助を申請することができます。
コースは、聴講オプションを提供せずに「修了証なしフルコース」オプションを提供する場合があります。このオプションでは、すべてのコース教材が表示され、必須の評価を提出して、最終成績を取得することができます。この場合、修了証エクスペリエンスは購入できません。
この専門講座をサブスクライブすると何を行うことができるようになりますか？
コースに登録する際、専門講座のすべてのコースにアクセスできます。コースの完了時には修了証を取得できます。電子修了証が成果のページに追加され、そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。
Is financial aid available?
はい。受講料の支払いが難しい受講生に、Coursera（コーセラ）は学資援助を提供しています。左側の［登録］ボタンの下にある［学資援助］のリンクをクリックして申請してください。申請書の入力を促すメッセージが表示され、承認されると通知が届きます。キャップストーンプロジェクトを含む専門講座の各コースでこのステップを完了する必要があります。詳細。

さらに質問がある場合は、受講者向けヘルプセンターにアクセスしてください。

Finding Mutations in DNA and Proteins (Bioinformatics VI)

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