このコースについて
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次における8の4コース

100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

約22時間で修了

英語

字幕:英語

習得するスキル

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

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シラバス - 本コースの学習内容

1
4時間で修了

DNA sequencing, strings and matching

This module we begin our exploration of algorithms for analyzing DNA sequencing data. We'll discuss DNA sequencing technology, its past and present, and how it works.

...
19件のビデオ (合計112分), 7 readings, 2 quizzes
19件のビデオ
Lecture: Why study this?4 分
Lecture: DNA sequencing past and present3 分
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5 分
Lecture: String definitions and Python examples3 分
Practical: String basics 7 分
Practical: Manipulating DNA strings 7 分
Practical: Downloading and parsing a genome 6 分
Lecture: How DNA gets copied3 分
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7 分
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6 分
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4 分
Practical: Working with sequencing reads 11 分
Practical: Analyzing reads by position 6 分
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5 分
Lecture: Read alignment and why it's hard3 分
Lecture: Naive exact matching10 分
Practical: Matching artificial reads 6 分
Practical: Matching real reads 7 分
7件の学習用教材
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10 分
Pre Course Survey10 分
Syllabus10 分
Setting up Python (and Jupyter)10 分
Getting slides and notebooks10 分
Using data files with Python programs10 分
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 120 分
Programming Homework 114 分
2
3時間で修了

Preprocessing, indexing and approximate matching

In this module, we learn useful and flexible new algorithms for solving the exact and approximate matching problems. We'll start by learning Boyer-Moore, a fast and very widely used algorithm for exact matching

...
15件のビデオ (合計114分), 1 reading, 2 quizzes
15件のビデオ
Lecture: Boyer-Moore basics8 分
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6 分
Lecture: Diversion: Repetitive elements5 分
Practical: Implementing Boyer-Moore 10 分
Lecture: Preprocessing7 分
Lecture: Indexing and the k-mer index10 分
Lecture: Ordered structures for indexing8 分
Lecture: Hash tables for indexing7 分
Practical: Implementing a k-mer index 7 分
Lecture: Variations on k-mer indexes9 分
Lecture: Genome indexes used in research9 分
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6 分
Lecture: Pigeonhole principle6 分
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9 分
1件の学習用教材
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 220 分
Programming Homework 212 分
3
2時間で修了

Edit distance, assembly, overlaps

This week we finish our discussion of read alignment by learning about algorithms that solve both the edit distance problem and related biosequence analysis problems, like global and local alignment.

...
13件のビデオ (合計92分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: Solving the edit distance problem12 分
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12 分
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6 分
Lecture: A new solution to approximate matching9 分
Lecture: Meet the family: global and local alignment10 分
Practical: Implementing global alignment 8 分
Lecture: Read alignment in the field4 分
Lecture: Assembly: working from scratch2 分
Lecture: First and second laws of assembly8 分
Lecture: Overlap graphs8 分
Practical: Overlaps between pairs of reads 4 分
Practical: Finding and representing all overlaps 3 分
1件の学習用教材
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 320 分
Programming Homework 38 分
4
2時間で修了

Algorithms for assembly

In the last module we began our discussion of the assembly problem and we saw a couple basic principles behind it. In this module, we'll learn a few ways to solve the alignment problem.

...
13件のビデオ (合計83分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: The shortest common superstring problem8 分
Practical: Implementing shortest common superstring 4 分
Lecture: Greedy shortest common superstring7 分
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7 分
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5 分
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8 分
Practical: Building a De Bruijn graph 4 分
Lecture: When Eulerian walks go wrong9 分
Lecture: Assemblers in practice8 分
Lecture: The future is long?9 分
Lecture: Computer science and life science5 分
Lecture: Thank yous 43
1件の学習用教材
Post Course Survey10 分
2の練習問題
Programming Homework 48 分
Module 414 分
4.8
91件のレビューChevron Right

25%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

20%

コースが具体的なキャリアアップにつながった

Algorithms for DNA Sequencing からの人気レビュー

by VKAug 8th 2017

This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.

by AZMar 11th 2016

Awesome, you will learn a lot about how DNA assemblers work, but very challenging and time demand in, especially if your background is in life science and not computer science.

講師

Avatar

Ben Langmead, PhD

Assistant Professor
Computer Science
Avatar

Jacob Pritt

Department of Computer Science

ジョンズ・ホプキンズ大学(Johns Hopkins University)について

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Genomic Data Scienceの専門講座について

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Genomic Data Science

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