このコースについて
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次における8の4コース

100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

約22時間で修了

英語

字幕:英語

習得するスキル

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

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シラバス - 本コースの学習内容

1
4時間で修了

DNA sequencing, strings and matching

19件のビデオ (合計112分), 7 readings, 2 quizzes
19件のビデオ
Lecture: Why study this?4 分
Lecture: DNA sequencing past and present3 分
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5 分
Lecture: String definitions and Python examples3 分
Practical: String basics 7 分
Practical: Manipulating DNA strings 7 分
Practical: Downloading and parsing a genome 6 分
Lecture: How DNA gets copied3 分
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7 分
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6 分
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4 分
Practical: Working with sequencing reads 11 分
Practical: Analyzing reads by position 6 分
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5 分
Lecture: Read alignment and why it's hard3 分
Lecture: Naive exact matching10 分
Practical: Matching artificial reads 6 分
Practical: Matching real reads 7 分
7件の学習用教材
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10 分
Pre Course Survey10 分
Syllabus10 分
Setting up Python (and Jupyter)10 分
Getting slides and notebooks10 分
Using data files with Python programs10 分
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 120 分
Programming Homework 114 分
2
3時間で修了

Preprocessing, indexing and approximate matching

15件のビデオ (合計114分), 1 reading, 2 quizzes
15件のビデオ
Lecture: Boyer-Moore basics8 分
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6 分
Lecture: Diversion: Repetitive elements5 分
Practical: Implementing Boyer-Moore 10 分
Lecture: Preprocessing7 分
Lecture: Indexing and the k-mer index10 分
Lecture: Ordered structures for indexing8 分
Lecture: Hash tables for indexing7 分
Practical: Implementing a k-mer index 7 分
Lecture: Variations on k-mer indexes9 分
Lecture: Genome indexes used in research9 分
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6 分
Lecture: Pigeonhole principle6 分
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9 分
1件の学習用教材
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 220 分
Programming Homework 212 分
3
2時間で修了

Edit distance, assembly, overlaps

13件のビデオ (合計92分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: Solving the edit distance problem12 分
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12 分
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6 分
Lecture: A new solution to approximate matching9 分
Lecture: Meet the family: global and local alignment10 分
Practical: Implementing global alignment 8 分
Lecture: Read alignment in the field4 分
Lecture: Assembly: working from scratch2 分
Lecture: First and second laws of assembly8 分
Lecture: Overlap graphs8 分
Practical: Overlaps between pairs of reads 4 分
Practical: Finding and representing all overlaps 3 分
1件の学習用教材
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 320 分
Programming Homework 38 分
4
2時間で修了

Algorithms for assembly

13件のビデオ (合計83分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: The shortest common superstring problem8 分
Practical: Implementing shortest common superstring 4 分
Lecture: Greedy shortest common superstring7 分
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7 分
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5 分
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8 分
Practical: Building a De Bruijn graph 4 分
Lecture: When Eulerian walks go wrong9 分
Lecture: Assemblers in practice8 分
Lecture: The future is long?9 分
Lecture: Computer science and life science5 分
Lecture: Thank yous 43
1件の学習用教材
Post Course Survey10 分
2の練習問題
Programming Homework 48 分
Module 414 分
4.8
105件のレビューChevron Right

50%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

38%

コースが具体的なキャリアアップにつながった

Algorithms for DNA Sequencing からの人気レビュー

by VKAug 8th 2017

This course provided me a very quick overview of all the core concepts pertaining to DNA sequencing. It is very well organized, crystal clear demonstration of concepts and I really enjoyed the course.

by ALJul 7th 2019

This is the best course so far in this specialization. I enjoyed the way both instructors explained the concepts using simple analogies. It was a really productive month for me!

講師

Avatar

Ben Langmead, PhD

Assistant Professor
Computer Science
Avatar

Jacob Pritt

Department of Computer Science

ジョンズ・ホプキンズ大学(Johns Hopkins University)について

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Genomic Data Science専門講座について

With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome. This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy. This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit....
Genomic Data Science

よくある質問

  • 修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題(該当する場合)にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。

  • コースに登録する際、専門講座のすべてのコースにアクセスできます。コースの完了時には修了証を取得できます。電子修了証が成果のページに追加され、そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。

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