このコースについて

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受講生の就業成果

43%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

33%

コースが具体的なキャリアアップにつながった
共有できる証明書
修了時に証明書を取得
100%オンライン
自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。
次における8の4コース
柔軟性のある期限
スケジュールに従って期限をリセットします。
約12時間で修了
英語

習得するスキル

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

受講生の就業成果

43%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

33%

コースが具体的なキャリアアップにつながった
共有できる証明書
修了時に証明書を取得
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約12時間で修了
英語

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ジョンズ・ホプキンズ大学(Johns Hopkins University)

シラバス - 本コースの学習内容

コンテンツの評価Thumbs Up97%(3,156 件の評価)Info
1

1

4時間で修了

DNA sequencing, strings and matching

4時間で修了
19件のビデオ (合計112分), 7 readings, 2 quizzes
19件のビデオ
Lecture: Why study this?4 分
Lecture: DNA sequencing past and present3 分
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5 分
Lecture: String definitions and Python examples3 分
Practical: String basics 7 分
Practical: Manipulating DNA strings 7 分
Practical: Downloading and parsing a genome 6 分
Lecture: How DNA gets copied3 分
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7 分
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6 分
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4 分
Practical: Working with sequencing reads 11 分
Practical: Analyzing reads by position 6 分
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5 分
Lecture: Read alignment and why it's hard3 分
Lecture: Naive exact matching10 分
Practical: Matching artificial reads 6 分
Practical: Matching real reads 7 分
7件の学習用教材
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10 分
Pre Course Survey10 分
Syllabus10 分
Setting up Python (and Jupyter)10 分
Getting slides and notebooks10 分
Using data files with Python programs10 分
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 130 分
Programming Homework 130 分
2

2

3時間で修了

Preprocessing, indexing and approximate matching

3時間で修了
15件のビデオ (合計114分), 1 reading, 2 quizzes
15件のビデオ
Lecture: Boyer-Moore basics8 分
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6 分
Lecture: Diversion: Repetitive elements5 分
Practical: Implementing Boyer-Moore 10 分
Lecture: Preprocessing7 分
Lecture: Indexing and the k-mer index10 分
Lecture: Ordered structures for indexing8 分
Lecture: Hash tables for indexing7 分
Practical: Implementing a k-mer index 7 分
Lecture: Variations on k-mer indexes9 分
Lecture: Genome indexes used in research9 分
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6 分
Lecture: Pigeonhole principle6 分
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9 分
1件の学習用教材
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 230 分
Programming Homework 230 分
3

3

3時間で修了

Edit distance, assembly, overlaps

3時間で修了
13件のビデオ (合計92分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: Solving the edit distance problem12 分
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12 分
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6 分
Lecture: A new solution to approximate matching9 分
Lecture: Meet the family: global and local alignment10 分
Practical: Implementing global alignment 8 分
Lecture: Read alignment in the field4 分
Lecture: Assembly: working from scratch2 分
Lecture: First and second laws of assembly8 分
Lecture: Overlap graphs8 分
Practical: Overlaps between pairs of reads 4 分
Practical: Finding and representing all overlaps 3 分
1件の学習用教材
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10 分
2の練習問題
Module 330 分
Programming Homework 330 分
4

4

3時間で修了

Algorithms for assembly

3時間で修了
13件のビデオ (合計83分), 1 reading, 2 quizzes
13件のビデオ
Lecture: The shortest common superstring problem8 分
Practical: Implementing shortest common superstring 4 分
Lecture: Greedy shortest common superstring7 分
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7 分
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5 分
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8 分
Practical: Building a De Bruijn graph 4 分
Lecture: When Eulerian walks go wrong9 分
Lecture: Assemblers in practice8 分
Lecture: The future is long?9 分
Lecture: Computer science and life science5 分
Lecture: Thank yous 43
1件の学習用教材
Post Course Survey10 分
2の練習問題
Programming Homework 430 分
Module 430 分

レビュー

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よくある質問

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