このコースについて
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次における8の5コース

100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

約26時間で修了

英語

字幕:英語

習得するスキル

BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface

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このCourseを受講している学習者は

  • Biostatisticians
  • Biologists
  • Scientists
  • Researchers
  • Data Scientists

シラバス - 本コースの学習内容

1
3時間で修了

Basic Unix Commands

12件のビデオ (合計105分), 5 readings, 2 quizzes
12件のビデオ
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7 分
Basic Unix Commands 3: File Naming4 分
Basic Unix Commands 4: Content Creation9 分
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6 分
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4 分
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6 分
Basic Unix Commands 8: Querying Content15 分
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11 分
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13 分
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13 分
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9 分
5件の学習用教材
Welcome Message10 分
Syllabus10 分
VMBox Download & Instructions10 分
Pre-Course Survey10 分
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10 分
2の練習問題
Module 1 Quiz20 分
Module 1 Exam34 分
2
3時間で修了

Week Two

11件のビデオ (合計127分), 1 reading, 2 quizzes
11件のビデオ
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11 分
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14 分
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13 分
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9 分
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12 分
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5 分
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11 分
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9 分
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15 分
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15 分
1件の学習用教材
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10 分
2の練習問題
Module 2 Quiz20 分
Module 2 Exam40 分
3
2時間で修了

Week Three

8件のビデオ (合計55分), 1 reading, 2 quizzes
8件のビデオ
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5 分
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11 分
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9 分
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4 分
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6 分
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8 分
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5 分
1件の学習用教材
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10 分
2の練習問題
Module 3 Quiz20 分
Module 3 Exam48 分
4
3時間で修了

Week Four

8件のビデオ (合計75分), 2 readings, 2 quizzes
8件のビデオ
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7 分
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9 分
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8 分
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10 分
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16 分
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8 分
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6 分
2件の学習用教材
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10 分
Post-Course Survey10 分
2の練習問題
Module 4 Quiz20 分
Module 4 Exam1 時間 10 分
4.2
84件のレビューChevron Right

50%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

43%

コースが具体的なキャリアアップにつながった

20%

昇給や昇進につながった

Command Line Tools for Genomic Data Science からの人気レビュー

by JJJun 23rd 2018

Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.

by GVMar 14th 2016

Very informative course. Because I am new to this, it was at times confusing. But overall, great teaching and great experience. Thank you.

講師

Avatar

Liliana Florea, PhD

Assistant Professor
McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine

ジョンズ・ホプキンズ大学(Johns Hopkins University)について

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

Genomic Data Science専門講座について

With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome. This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy. This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit. Please note that you will not receive a Certificate of Completion if you choose to Audit....
Genomic Data Science

よくある質問

  • 修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題(該当する場合)にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。

  • コースに登録する際、専門講座のすべてのコースにアクセスできます。コースの完了時には修了証を取得できます。電子修了証が成果のページに追加され、そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。

さらに質問がある場合は、受講者向けヘルプセンターにアクセスしてください。