このコースについて
4.7
39件の評価
6件のレビュー

100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

約19時間で修了

推奨:3 weeks of study, 1-3 hours/week...

英語

字幕:英語

100%オンライン

自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。

柔軟性のある期限

スケジュールに従って期限をリセットします。

約19時間で修了

推奨:3 weeks of study, 1-3 hours/week...

英語

字幕:英語

シラバス - 本コースの学習内容

1
3時間で修了

From sampling to sequencing

In this module, you will be introduced to metagenomics, some of the considerations and controls that need to be in place in a metagenomics study, and to the topic of antimicrobial resistance. You will also learn about: 1) Sampling and sample handling - the considerations behind a sampling plan, how to perform sampling in practice, and how sample storage can affect metagenomics results; 2) DNA and RNA extraction methods - both for bacterial and viral microorganisms; 3) Sequencing - from library preparation to the basics of different sequencing technologies....
10件のビデオ (合計112分), 13 readings, 2 quizzes
10件のビデオ
Welcome14 分
Introduction to metagenomics10 分
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects10 分
Introduction to antimicrobial resistance11 分
Sampling for surveillance18 分
Sampling at farms and slaughterhouses14 分
Sample storage2 分
Isolation of DNA from complex samples10 分
Sample processing for viral metagenomics7 分
Sequencing platforms12 分
13件の学習用教材
Glossary20 分
Get started !5 分
Introduction to metagenomics2 分
Considerations and controls for metagenomic/microbiome projects2 分
Introduction to antimicrobial resistance2 分
Sampling for surveillance5 分
Sampling at farms and slaughterhouses2 分
Sample storage2 分
Isolation of DNA from complex samples2 分
Notes on library preparation5 分
Sequencing platforms10 分
Assessment case-study - part 15 分
Assessment case study - part 22 分
2の練習問題
Module 1 assessment - part 18 分
Module 1 assessment - part 212 分
2
3時間で修了

FROM READS TO RESULTS

In this module, you will be introduced to the basics of bioinformatics analysis of metagenomics data, including the different types of analysis possible and the different algorithms available. You will then learn about quality control, MGmapper and KRAKEN (two freely available bioinformatics pipelines), and ResFinder (a database of antimicrobial resistance genes). An example from a real study will demonstrate some of the challenges of a bioinformatics analysis. ...
6件のビデオ (合計64分), 11 readings, 1 quiz
6件のビデオ
Overview of available metagenomic analysis tools7 分
MGmapper13 分
ResFinder database5 分
Demo of metagenomic classification using KRAKEN16 分
Real example of metagenomic analysis - lessons learned14 分
11件の学習用教材
General introduction to bioinformatics analysis of metagenomics data5 分
Overview of available metagenomic analysis tools10 分
MGmapper10 分
MGmapper - Best mode vs Full mode10 分
ResFinder database3 分
Assessment case-study - part 310 分
Samples sheet10 分
Report A - FastQC results10 分
Report B - MGmapper results10 分
Report C - KRAKEN results10 分
Report D10 分
1の練習問題
Module 2 assessment24 分
3
8時間で修了

Interpretation of results and potential of metagenomics for surveillance

In this module you will learn about two different approaches to analyse and interpret sequence reads - classification and assembly. You will see examples of methods to vizualize read counts and to analyze metagenomics together with explanatory data. Last, you will learn the potential of metagenomics for the development of a future global and integrated surveillance, and the challenges you may encounter during that process ...
6件のビデオ (合計81分), 16 readings, 6 quizzes
6件のビデオ
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads15 分
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 1)10 分
Application of metagenomics in surveillance - methods (part 2)16 分
Application of metagenomics in surveillance - opportunities and challenges21 分
Farewell3 分
16件の学習用教材
Virtual Machine setup
Analysis and visualization of read count data10 分
Metagenomic assembly and binning: reconstructing genomes from reads10 分
Application of metagenomics in surveillance - methods10 分
Potential of metagenomics for surveillance10 分
Challenges of metagenomics for surveillance10 分
Assessment case-study - part 45 分
Report D10 分
Epidemiology sheet and Report E10 分
Introduction5 分
Final quiz - section I - Sampling10 分
Final quiz - section II - Quality control30 分
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 分
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results10 分
Final quiz - section V - Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context10 分
Extra material for final assessment10 分
6の練習問題
Module 3 assessment10 分
Final quiz - section I - Sampling18 分
Final quiz - section II - Quality control30 分
Final quiz - section III - Bioinformatics analysis of metagenomics30 分
Final quiz - section IV - Interpretation of metagenomics results30 分
Final quiz - section V - Analysis of metagenomics results in a surveillance context30 分

講師

Avatar

Ana Sofia Ribeiro Duarte

Assistant Professor
National Food Institute
Avatar

Sünje Johanna Pamp

Associate Professor
Research Group for Genomic Epidemiology, Technical University of Denmark
Avatar

Liese Van Gompel

PhD Candidate Epidemiology
Utrecht University, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS)
Avatar

Pimlapas Leekitcharoenphon

PostDoc
Research Group for Genomic Epidemiology, DTU Food

デンマーク工科大学(Technical University of Denmark(DTU))について

DTU focuses on research in technical and natural sciences that contributes to the development of society. As an industrially orientated university, our goal is to supply high-level international research based on combining theory with constructing models and empirical methods....

よくある質問

  • 修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題(該当する場合)にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。

  • 修了証を購入する際、コースのすべての教材(採点課題を含む)にアクセスできます。コースを完了すると、電子修了証が成果のページに追加されます。そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。

さらに質問がある場合は、受講者向けヘルプセンターにアクセスしてください。