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トロント大学（University of Toronto） による Plant Bioinformatics の受講者のレビューおよびフィードバック

4.8
星
203件の評価

コースについて

The past 15 years have been exciting ones in plant biology. Hundreds of plant genomes have been sequenced, RNA-seq has enabled transcriptome-wide expression profiling, and a proliferation of "-seq"-based methods has permitted protein-protein and protein-DNA interactions to be determined cheaply and in a high-throughput manner. These data sets in turn allow us to generate hypotheses at the click of a mouse. For instance, knowing where and when a gene is expressed can help us narrow down the phenotypic search space when we don't see a phenotype in a gene mutant under "normal" growth conditions. Coexpression analyses and association networks can provide high-quality candidate genes involved in a biological process of interest. Using Gene Ontology enrichment analysis and pathway visualization tools can help us make sense of our own 'omics experiments and answer the question "what processes/pathways are being perturbed in our mutant of interest?" Structure: each of the 6 week hands-on modules consists of a ~2 minute intro, a ~20 minute theory mini-lecture, a 1.5 hour hands-on lab, an optional ~20 minute lab discussion if experiencing difficulties with lab, and a ~2 minute summary. Tools covered [Material updated in June 2022]: Module 1: GENOMIC DBs / PRECOMPUTED GENE TREES / PROTEIN TOOLS. Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 and Cell eFP Browser, 1001 Genomes Browser Module 2: EXPRESSION TOOLS. eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer for exploring RNA-seq data for many plant species, MPSS database for small RNAs Module 3: COEXPRESSION TOOLS. ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2 Module 4: PROMOTER ANALYSIS. Cistome, MEME, ePlant Module 5: GO ENRICHMENT ANALYSIS AND PATHWAY VIZUALIZATION. AgriGO, AmiGO, Classification SuperViewer, TAIR, g:profiler, AraCyc, MapMan (optional: Plant Reactome) Module 6: NETWORK EXPLORATION. Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, Virtual Plant, GeneMANIA...

人気のレビュー

SS

2022年9月14日

That was so insightful and learning course about plants bioinformatic out of basic methods.

Also help in working project to give meaningful answers with validation

SK

2020年5月5日

In- depth learning of the various tools and softwares available to study plant bioinformatics. Guidance of the author through the labs is insightful and informative.

フィルター：

Plant Bioinformatics： 1 - 25 / 47 レビュー

by Ahmad H K

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2020年7月5日

by QASIM R

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2019年3月10日

by Fabrício d A S

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2019年11月8日

by Rubylyn M I

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2020年12月9日

by Nitisha N G

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2021年4月16日

by Danny W

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2019年1月30日

by Alvaro L

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2019年7月4日

by Glenn N

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2020年2月25日

by DIANEY C C M

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2020年8月3日

by SHARON K

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2020年5月6日

by Sufiyan

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2022年9月15日

by Lerry D P S

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2020年5月23日

by Fer B

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2021年9月20日

by Hewan D

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2020年5月20日

by Lucas A C

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2020年7月31日

by Raghavendra G

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2020年7月31日

by Suhasini M

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2021年11月2日

by Syeda S W

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2020年11月8日

by KAVITHA.A

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2020年11月3日

by Namrah A

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2022年9月5日

by Dr. D D

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2020年9月27日

by sunila h

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2020年7月13日

by Jude C F

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2021年3月31日

by Danilo F S

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2021年2月17日

by Fariha T

•

2020年7月2日

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