A Geometrical Approach to Genome Analysis: Skew & Z-Curve

提供:
Coursera Project Network
このガイド付きプロジェクトでは、次のことを行います。

Analyze complete genome using a geometrical method

Plot 2D- and 3D graphs in Python

Calculate, plot, and save complete genome profile

ClockAbout 60 minutes required for the project and 60 for the other materials (reading and assignment).
Intermediate中級
Cloudダウンロード不要
Video分割画面ビデオ
Comment Dots英語
Laptopデスクトップのみ

In this 1-hour long project-based course, you will learn how to analyze a complete viral genome using geometrical methods (skews and Z-curve), 2D- and 3D-plotting in Python, and how to use some important Python libraries (like Tkinter, Matplotlib, and NumPy) helping you accomplish this. You will also learn about the genomes of some viruses including, Corona, SARS, HIV, Zika, Nidovirous, and rubella viruses.

あなたが開発するスキル

  • 3D
  • Personal Genomics
  • Python Programming
  • plotting
  • 2D

ステップバイステップで学習します

ワークエリアを使用した分割画面で再生するビデオでは、講師がこれらの手順を説明します。

  1. Task 1: Getting Started with Geometrical Genome Analysis.

  2. Task 2: Skew and Z-Curve definitions

  3. Task 3: Locate the Data Files

  4. Task 4: Genome cDNA to Orginal Viral RNA

  5. Task 5: Skews and Z-Curve calculations

  6. Task 6: 2D Plotting (Skews part 1 of 2)

  7. Task 7: 2D Plotting (Skews part 2 of 2)

  8. Task 8: Z-Curve 2D and 3D plotting

  9. Task 9: Export results as PDF files.

ガイド付きプロジェクトの仕組み

ワークスペースは、ブラウザに完全にロードされたクラウドデスクトップですので、ダウンロードは不要です

分割画面のビデオで、講師が手順ごとにガイドします

よくある質問

よくある質問

さらに質問がある場合は、受講者ヘルプセンターにアクセスしてください。