Large-scale biology projects such as the sequencing of the human genome and gene expression surveys using RNA-seq, microarrays and other technologies have created a wealth of data for biologists. However, the challenge facing scientists is analyzing and even accessing these data to extract useful information pertaining to the system being studied. This course focuses on employing existing bioinformatic resources – mainly web-based programs and databases – to access the wealth of data to answer questions relevant to the average biologist, and is highly hands-on.
提供：
Plant Bioinformatic Methods の専門講座トロント大学（University of Toronto）このコースについて
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受講生の就業成果
24%
コース終了後に新しいキャリアをスタートした
30%
コースが具体的なキャリアアップにつながった
17%
昇給や昇進につながった
共有できる証明書
修了時に証明書を取得
100%オンライン
自分のスケジュールですぐに学習を始めてください。
次における4の1コース
柔軟性のある期限
スケジュールに従って期限をリセットします。
初級レベル
約20時間で修了
英語
字幕：英語
習得するスキル
Genetic AnalysisBioinformatics AnalysisEvolutionComparative Genomics
受講生の就業成果
24%
コース終了後に新しいキャリアをスタートした
30%
コースが具体的なキャリアアップにつながった
17%
昇給や昇進につながった
共有できる証明書
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100%オンライン
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初級レベル
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提供：
トロント大学（University of Toronto）
Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe.
シラバス - 本コースの学習内容
3時間で修了
NCBI/Blast I
In this module we'll be exploring the amazing resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information, run by the National Library of Medicine in the USA. We'll also be doing a Blast search to find similar sequences in the enormous NR sequence database. We can use similar sequences to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function.
3時間で修了
4件のビデオ （合計51分）, 4 readings, 1 quiz
4件の学習用教材
Acknowledgements10 分
Course Logistics10 分
Lecture Materials10 分
Lab 1 -- Exploring NCBI1 時間 30 分
1の練習問題
Lab 1 Quiz30 分
3時間で修了
Blast II/Comparative Genomics
In this module we'll continue exploring the incredible resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information. We will be performing several different kinds of Blast searches: BlastP, PSI-Blast, and Translated Blast. We can use similar sequences identified by such methods to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. We'll also be comparing parts of the genomes of a couple of different species, to see how similar they are.
3時間で修了
4件のビデオ （合計58分）, 2 readings, 1 quiz
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 2 -- Advanced Blast and Comparative Genomics1 時間 30 分
1の練習問題
Lab 2 Quiz30 分
3時間で修了
Multiple Sequence Alignments
In this module we'll be doing multiple sequence alignments with Clustal (as implemented in MEGA), DiAlign, and MAFFT. Multiple sequences alignments can tell you where in a sequence the conserved and variable regions are, which is important for understanding the biology of the sequences under investigation. It also has practical applications, such as being able to design PCR primers that will amplify sequences from a number of different species, for example.
3時間で修了
4件のビデオ （合計44分）, 2 readings, 1 quiz
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 3 -- Multiple Sequence Alignment1 時間 30 分
1の練習問題
Lab 3 Quiz30 分
1時間で修了
Review: NCBI/Blast I, Blast II/Comparative Genetics, and Multiple Sequence Alignments
1時間で修了
1の練習問題
Quiz: Modules 1-330 分
レビュー
BIOINFORMATIC METHODS I からの人気レビュー
EDにより2017年4月26日
Great course. All lectures provide a biological context for the tools you learn in the labs. The labs themselves provide a great introduction to the many tools available for bioinformatic analysis.
FJにより2017年2月5日
The videos were very clear on how to use various bioinformatic tools. I found no difficulty in understanding them. Really enjoyed the course. Looking forward to the next part of this course!
RGにより2017年11月4日
I enjoyed doing the course. It is exciting to see how much one can learn from a few gene or protein sequences. Thank you for making the course understandable to a beginner in bioinformatics!
PSにより2017年7月8日
A fully recommended course for those who wish to understand the basics and strengthen their skills in Bioinformatics. A well-designed and precise course. Thank you Dr. Nicholas Provart. :-)
Plant Bioinformatic Methods専門講座について
The past 15 years have been exciting ones in plant biology. Hundreds of plant genomes have been sequenced, RNA-seq has enabled transcriptome-wide expression profiling, and a proliferation of "-seq"-based methods has permitted protein-protein and protein-DNA interactions to be determined cheaply and in a high-throughput manner. These data sets in turn allow us to generate hypotheses at the click of a mouse or tap of a finger.The Plant Bioinformatics Specialization on Coursera introduces core bioinformatic competencies and resources, such as NCBI's Genbank, Blast, multiple sequence alignments, phylogenetics in Bioinformatic Methods I, followed by protein-protein interaction, structural bioinformatics and RNA-seq analysis in Bioinformatic Methods II. In Plant Bioinformatics we cover 33 plant-specific online tools from genome browsers to transcriptomic data mining to promoter/network analyses and others. Last, a Plant Bioinformatics Capstone uses these tools to hypothesize a biological role for a gene of unknown function, summarized in a written lab report.This specialization is useful to any modern plant molecular biologist wanting to get a feeling for the incredible scope of data available to researchers. A small amount of R programming is introduced in Bioinformatic Methods II, but most of the tools are web applications. It is recommended that you have access to a laptop or desktop computer for running these as they may not work as mobile applications on your phone or tablet.
よくある質問
いつ講座や課題にアクセスできるようになりますか？
Access to lectures and assignments depends on your type of enrollment. If you take a course in audit mode, you will be able to see most course materials for free. To access graded assignments and to earn a Certificate, you will need to purchase the Certificate experience, during or after your audit. If you don't see the audit option:
- The course may not offer an audit option. You can try a Free Trial instead, or apply for Financial Aid.
- The course may offer 'Full Course, No Certificate' instead. This option lets you see all course materials, submit required assessments, and get a final grade. This also means that you will not be able to purchase a Certificate experience.
この専門講座をサブスクライブすると何を行うことができるようになりますか？
コースに登録する際、専門講座のすべてのコースにアクセスできます。コースの完了時には修了証を取得できます。電子修了証が成果のページに追加され、そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。
返金ポリシーについて教えてください。
サブスクライブすると、7日間の無料トライアルを体験できます。この期間中は解約金なしでキャンセルできます。それ以降、払い戻しはありませんが、サブスクリプションをいつでもキャンセルできます。返金ポリシーをすべて表示します。
学資援助はありますか？
はい。受講料の支払いが難しい受講生に、Coursera（コーセラ）は学資援助を提供しています。左側の［登録］ボタンの下にある［学資援助］のリンクをクリックして申請してください。申請書の入力を促すメッセージが表示され、承認されると通知が届きます。キャップストーンプロジェクトを含む専門講座の各コースでこのステップを完了する必要があります。詳細。
コースを修了することで大学の単位は付与されますか？
このコースでは大学の単位は付与されませんが、一部の大学ではコース修了証を単位として承認する場合があります。詳細については、大学にお問い合わせください。Coursera（コーセラ）のオンライン学位および Mastertrack™証明書は、大学の単位を取得する機会を提供します。
さらに質問がある場合は、受講者向けヘルプセンターにアクセスしてください。
