このコースについて
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100%オンライン

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初級レベル

約13時間で修了

推奨:12-18 hours videos and labs...

英語

字幕:英語

習得するスキル

Genetic AnalysisBioinformatics AnalysisEvolutionComparative Genomics

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シラバス - 本コースの学習内容

1
3時間で修了

NCBI/Blast I

In this module we'll be exploring the amazing resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information, run by the National Library of Medicine in the USA. We'll also be doing a Blast search to find similar sequences in the enormous NR sequence database. We can use similar sequences to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. ...
4件のビデオ (合計52分), 4 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture25 分
Lab Discussion24 分
Summary
4件の学習用教材
Acknowledgements10 分
Course Logistics10 分
Lecture Materials10 分
Lab 1 -- Exploring NCBI30 分
1の練習問題
Lab 1 Quiz6 分
2
3時間で修了

Blast II/Comparative Genomics

In this module we'll continue exploring the incredible resources available at NCBI, the National Centre for Biotechnology Information. We will be performing several different kinds of Blast searches: BlastP, PSI-Blast, and Translated Blast. We can use similar sequences identified by such methods to infer homology, which is the primary predictor of gene or protein function. We'll also be comparing parts of the genomes of a couple of different species, to see how similar they are....
4件のビデオ (合計58分), 2 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture32 分
Lab Discussion23 分
Summary
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 2 -- Advanced Blast and Comparative Genomics30 分
1の練習問題
Lab 2 Quiz6 分
3
2時間で修了

Multiple Sequence Alignments

In this module we'll be doing multiple sequence alignments with Clustal (as implemented in MEGA), DiAlign, and MAFFT. Multiple sequences alignments can tell you where in a sequence the conserved and variable regions are, which is important for understanding the biology of the sequences under investigation. It also has practical applications, such as being able to design PCR primers that will amplify sequences from a number of different species, for example....
4件のビデオ (合計42分), 2 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture23 分
Lab Discussion16 分
Summary
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 3 -- Multiple Sequence Alignment30 分
1の練習問題
Lab 3 Quiz6 分
4
10分で修了

Review: NCBI/Blast I, Blast II/Comparative Genetics, and Multiple Sequence Alignments

...
1 quiz
1の練習問題
Quiz: Modules 1-310 分
5
2時間で修了

Phylogenetics

In this module we'll be using the multiple sequence alignments we generated last lab to do some phylogenetic analyses with both neighbour-joining and maximum likelihood methods. The tree-like structure generated by such analyses tells us how closely sequences are related one to another, and suggests when in evolutionary time a speciation or gene duplication event occurred....
4件のビデオ (合計36分), 2 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture25 分
Lab Discussion9 分
Summary
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 4 -- Phylogenetics30 分
1の練習問題
Lab 4 Quiz6 分
6
2時間で修了

Selection Analysis

In this module we'll take a set of orthologous sequences from bacteria and use DataMonkey to analyze them for the presence of certain sites under positive, negative or neutral selection. Such an analysis can help understand the biology of a set of protein coding sequences by identifying residues that might be important for biological function (those residues under negative selection) or those that might be involved in response to external influences, such as drugs, pathogens or other factors (residues under positive selection)....
4件のビデオ (合計38分), 2 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture23 分
Lab Discussion10 分
Summary1 分
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 5 -- Selection Analysis30 分
1の練習問題
Lab 5 Quiz6 分
7
3時間で修了

'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-Seq) / Metagenomics

In this module we'll explore some of the data that have been generated as a result of the rapid decrease in the cost of sequencing DNA. We'll be exploring a couple of RNA-Seq data sets that can tell us where any given gene is expressed, and also how that gene might be alternatively spliced. We'll also be looking at a couple of metagenome data sets that can tell us about the kinds of species (especially microbial species that might otherwise be hard to culture) that are in a given environmental niche....
4件のビデオ (合計51分), 2 readings, 1 quiz
4件のビデオ
Lecture24 分
Lab Discussion20 分
Summary4 分
2件の学習用教材
Lecture Materials10 分
Lab 6 -- Next Generation Sequencing Applications: RNA-Seq and Metagenomics30 分
1の練習問題
Lab 6 Quiz6 分
8
1時間で修了

Review: Phylogenetics, Selection Analysis, and 'Next Gen' Sequence Analysis (RNA-seq)/Metagenomics + Final Assignment

...
1 reading, 2 quizzes
1件の学習用教材
Final Assignment Instructions10 分
2の練習問題
Review: Modules 5-710 分
Final Assignment10 分
4.7
158件のレビューChevron Right

21%

コース終了後に新しいキャリアをスタートした

29%

コースが具体的なキャリアアップにつながった

20%

昇給や昇進につながった

人気のレビュー

by EDApr 27th 2017

Great course. All lectures provide a biological context for the tools you learn in the labs. The labs themselves provide a great introduction to the many tools available for bioinformatic analysis.

by FJFeb 6th 2017

The videos were very clear on how to use various bioinformatic tools. I found no difficulty in understanding them. Really enjoyed the course. Looking forward to the next part of this course!

講師

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Nicholas James Provart

Professor
Cell & Systems Biology

トロント大学(University of Toronto)について

Established in 1827, the University of Toronto is one of the world’s leading universities, renowned for its excellence in teaching, research, innovation and entrepreneurship, as well as its impact on economic prosperity and social well-being around the globe. ...

よくある質問

  • 修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題(該当する場合)にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。

  • 修了証を購入する際、コースのすべての教材(採点課題を含む)にアクセスできます。コースを完了すると、電子修了証が成果のページに追加されます。そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。

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