Learn to use tools from the Bioconductor project to perform analysis of genomic data. This is the fifth course in the Genomic Big Data Specialization from Johns Hopkins University.
このコースはGenomic Data Science の専門講座に属します。
Bioconductor for Genomic Data Science
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このコースについて
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習得するスキル
BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
このCourseを受講している学習者は
- Biostatisticians
- Biologists
- Researchers
- Scientists
- Data Scientists
シラバス - 本コースの学習内容
週
13時間で修了
Week One
The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses.
16件のビデオ （合計126分）, 3 readings, 1 quiz
16件のビデオ
Installing R on A Mac 2 分
Installing R Studio on a Mac 1 分
What is Bioconductor7 分
Installing Bioconductor3 分
The Bioconductor Website9 分
Useful Online Resources5 分
R Base Types18 分
GRanges - Overview4 分
IRanges - Basic Usage12 分
GenomicRanges - GRanges8 分
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8 分
GenomicRanges - seqinfo6 分
AnnotationHub8 分
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112 分
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213 分
3件の学習用教材
Welcome10 分
Syllabus10 分
Pre Course Survey10 分
1の練習問題
Quiz 120 分
週
22時間で修了
Week Two
In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads.
8件のビデオ （合計81分）, 1 quiz
8件のビデオ
Biostrings7 分
BSgenome6 分
Biostrings - Matching6 分
BSgenome - Views9 分
GenomicRanges - Rle12 分
GenomicRanges - Lists6 分
GenomicFeatures18 分
rtracklayer - Data Import14 分
1の練習問題
Quiz 220 分
週
32時間で修了
Week Three
In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4.
9件のビデオ （合計79分）, 1 quiz
9件のビデオ
Annotation Overview4 分
ExpressionSet Overview4 分
ExpressionSet9 分
SummarizedExperiment7 分
GEOquery6 分
biomaRt13 分
R S4 Classes16 分
R S4 Methods10 分
1の練習問題
Quiz 320 分
週
42時間で修了
Week Four
In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi
7件のビデオ （合計81分）, 1 reading, 1 quiz
7件のビデオ
Short Read4 分
Rsamtools12 分
oligo14 分
limma16 分
minfi11 分
Count-based RNA-seq analysis15 分
1件の学習用教材
Post Course Survey10 分
1の練習問題
Quiz 420 分
4.0
38件のレビューBioconductor for Genomic Data Science からの人気レビュー
Before you can run, you must learn to walk.\n\nKasper's well paced tutorials will give you confidence using the tools you need for genomic study.
Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.
講師
Kasper Daniel Hansen, PhD
Assistant Professor, Biostatistics and Genetic MedicineBloomberg School of Public Health
ジョンズ・ホプキンズ大学（Johns Hopkins University）について
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
Genomic Data Science専門講座について
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
This Specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, along with a variety of software implementation tools like Python, R, Bioconductor, and Galaxy.
This Specialization is designed to serve as both a standalone introduction to genomic data science or as a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics, for scientists in these fields seeking to gain familiarity in data science and statistical tools to better interact with the data in their everyday work.
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よくある質問
いつ講座や課題にアクセスできるようになりますか？
修了証に登録すると、すべてのビデオ、テスト、およびプログラミング課題（該当する場合）にアクセスできます。ピアレビュー課題は、セッションが開始してからのみ、提出およびレビューできます。購入せずにコースを検討することを選択する場合、特定の課題にアクセスすることはできません。
この専門講座をサブスクライブすると何を行うことができるようになりますか？
コースに登録する際、専門講座のすべてのコースにアクセスできます。コースの完了時には修了証を取得できます。電子修了証が成果のページに追加され、そこから修了証を印刷したり、LinkedInのプロフィールに追加したりできます。コースの内容の閲覧のみを希望する場合は、無料でコースを聴講できます。
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